La fama dei pittori del tempo si confermava con incarichi del Vaticano.  Anche Raffaello fa questo percorso ed arriva a Roma, invitato da Papa Giulio II che gli affida la decorazione di quattro Stanze Vaticane, mentre Michelangelo stava affrescando la Cappella Sistina.

I lavori cominciano nel 1508 dalla biblioteca privata del Papa, dove Raffaello affresca la "Disputa del sacramento, della Scuola di Atene e il Parnaso", poi la stanza destinata alle udienze private del pontefice  con "La cacciata di Eliodoro dal tempio (1511-13).

Delle altre due stanze raffiguranti il "Miracolo di Bolsena" e la "Liberazione di San Pietro dal carcere" sembra che Raffaello abbia preparato solo i cartoni, incaricando per l'affresco eseguito i suoi allievi, cosa che gli lascia il tempo per ritornare alla ritrattistica.
 
Raffaello dipinge il "Ritratto di Tommaso Fedra Inghirami", il "Ritratto di Cardinale", il ritratto di "Baldassarre Castiglione",  il ritratto di Giulio II ed il "Doppio Ritratto" che si trova alla galleria Doria a Roma.

Raffaello Sanzio - Dama Velata

Raffaello Sanzio - Madonna Cowper

Alla morte di Bramante, ne 1514, Raffaello è nominato dal Papa Leone X, Architetto della fabbrica di San Pietro.

Mentre lavora per il Papa, Raffaello trova il tempo per accontentare le richieste dei nobili della Corte Papale per i quali  progetta cappelle funerarie, Pale d'Altare e cartoni per gli arazzi destinati alla Cappella Sistina raffiguranti episodi tratti dagli atti degli apostoli.